特定口座の場合、源泉徴収の有無によって、確定申告の取り扱いが異なります。
詳しくは、以下をご確認ください。

■特定口座（源泉徴収有）
譲渡益が発生した際の源泉徴収を証券会社が行うため、原則、確定申告の手続きは不要です。
ただし、以下の場合は確定申告が必要です。
・複数年度にわたり上場株式等の譲渡損失と配当金等を損益通算する場合
・他社のお取引と損益通算したい場合

■特定口座（源泉徴収無）
原則、確定申告の手続きが必要です。