個別元本はNISA口座における投資信託（ファンド）で1つだけ管理され、年ごとの残高に対して別々に管理されるものではありません。
なお、同じ投資信託（ファンド）を課税口座（特定・一般口座）とNISA口座で保有している場合、個別元本は口座ごとに管理されます。